Афонская монашеская республика юрисдикционно принадлежит Вселенскому Патриархату. Несмотря на это, она имеет фактически полную административную независимость от Константинопольского трона и строго хранит свою внутреннюю самостоятельность. Патриаршую власть на Афоне представляет викарный епископ.

Поскольку Святая Гора входит в состав Греческой Республики, она имеет особого представителя от государства. Верховным органом самоуправления Святой Горы является Священный Кинот, состоящий из представителей всех 20-ти монастырей Афона, которые каждый год избираются своими монастырями.

Исполнительную власть Афона представляет Священная Эпистасия, состав которой меняется каждый год – первого июня. Все монастыри делятся на пять групп – в каждой группе по четыре монастыря.

В первую группу входят: Великая Лавра, Дохиар, Ксенофнт, Эсфигмен.

Во вторую: Ватопед, Кутлумуш, Каракалл, Ставроникита.

В третью: Иверский, Пантократор, Филофей, Симонопетра.

В четвертую: Хиландар, Ксиропотам, святого Павла, Григориат.

В пятую: Дионисиат, Зограф, святого Пантелеимона, Констамонит.

Каждый год одна из групп составляет Священную Эпистасию. Представитель первого монастыря каждой группы является председателем Эпистасии.

Все монастыри Святой Горы к настоящему времени являются общежительными. Всего на Афоне проживает ок. 1500 монахов, включая келлиотов и скитских насельников.

Кроме монастырей и скитов, на Афоне функционирует богословское училище – так называемая “Афониада”, основанная в 1749 году. С 1953-го года она расположена в Карее.